La structure exécutive a en charge l'appui au fonctionnement de la CDEFI, notamment celui de ses instances politiques et des actions de ses membres. Elle contribue également à la mise en œuvre pratique de la dimension associative de la Conf?érence et reste en contact permanent avec l'ensemble des écoles d'ingénieurs.
Elle se compose de deux chargés de mission et d'un secrétariat.